Historie rozgrywają się w świecie, gdzie nadprzyrodzone (psychiczne) moce istnieją dzięki nauce, a magia dzięki religii.

"Akademy City", 2,3 mln mieszkańców. 80% studentów jest aktywnych w 'Programie rozwoju mózgu ", mającym na celu rozwijanie nadprzyrodzonych zdolności poprzez specjalne ćwiczenia umysłowe.

W tym mieście żyją główni bohaterowie, których historie często się przeplatają : Kamijo Touma i Misaka Mikoto

  Touma to zwykły licealista z kiepskimi wynikami, oraz mocą o nazwie Imagine Breaker, koncentrującą się w jego prawej dłoni.
  Imagine Breaker, to zdolność anulowania innych mocy, tak psychicznych jak i magicznych, oraz jest niewykrywalna przez skanery umiejętności, przez co Touma został sklasyfikowany jako level 0, czyli człowiek bez psychicznych zdolności.
  Pewnego dnia znajduje na swoim balkonie dziewczynkę, która okazuje się Anglikańską zakonnicą, której wspomnienia zostały zastąpione 103 000 tomów zakazanych ksiąg magicznych.
  Przez to spotkanie Touma zostanie wciągnięty w sam środek konfliktu pomiędzy Kościołem Rzymsko Katolickim a Anglikańskim.


  Misaka Mikoto jest uczennicą prestiżowego gimnazjum Tokiwadai, znana wśród ludzi jako Railgun, trzecia najpotężniejsza psychiczka w mieście, potrafi władać prądem o baaaardzo wysokim napięciu.
  Ma silne poczucie sprawiedliwości i dlatego pomaga swojej przyjaciółce Shirai Kuroko (ona jest taka zajebista!) w pracy w "Judgement" miejskim departamencie obrony uczniowskiej (taki szkolny patrol bezpieczeństwa)